Прибывшая вскоре новая настоятельница, назначенная Синодом на место почившей Михаилы, монахиня Иоанна застала дела монастыря в крайне тяжелом положении, с недостроенным собором и пустым кошельком. Для продолжения строительства не имелось ни средств, ни достаточного количества стройматериалов. Трезво оценив ситуацию, Иоанна принимает решение остановить стройку. Всю деятельность монастыря она направляет отныне на повышение благосостояния и на развитие самой общины. Бумага донесла до нас, к радости, историю жизни игуменьи Иоанны. В миру она - Зинаида Федоровна Скабская, родилась в 1864 году в роду петербургских дворян, окончила Санкт-Петербургский Елисаветинский институт благородных девиц, в 1892 году, в возрасте 28 лет, поступает в Пюхтицкий Успенский монастырь в Прибалтике, где в 1895 году постриглась в монашество. По личному ходатайству в 1898 году вместе с настоятельницей Пюхтицкого монастыря переведена была в Казань, в местный первокласный монастырь, а уже в 1900 году указом Св. Синода назначена была на должность настоятельницы Свято-Троицкого Федоровского монастыря. Но вскоре Иоанна тяжело заболела и помещена была на лечение в Полтавскую губернию, откуда и была вызвана, чтобы возглавить Даниловский монастырь. Обладая довольно твердым характером, Иоанна быстро привела в порядок хозяйственную деятельность общины, и она снова стала крепнуть и расти. В течение 1910-1911 годов была построена новая каменная трапезная с хлебопекарней (просфорной), сейчас - детский дом. (Почему-то считалось, что его пожертвовал Масаинов. В действительности же полностью построен общиной). Выросли новые хозяйственные постройки: дом для сестер-скотниц, котельная для сушки конной сбруи, амбары. В новом каменном доме устроена была живописная мастерская, сестры занялись иконописью. Монастырь зажил полнокровной жизнью. И все бы хорошо, кабы не позеленевшие стены и не сгнившие леса Казанского собора. Доведенный лишь до главного карниза, непокрытый, открытый дождям и ветрам, он постепенно погибал. Штукатурка отсыревала, в стенах появились трещины. На постройку собора уже израсходовано было 75 тысяч рублей. Чтобы покрыть его, как минимум, требовалось еще 40 тысяч, не говоря уже о полной внутренней и внешней отделке. Таких денег у обители не было. Положение еще более ухудшилось, когда определением Святейшего Синода от 26 июня 1910 года запрещались неорганизованные, самочинные сборы пожертвований без особого распоряжения Епархиального Архиерея, а ведь они составляли значительную часть дохода общины. Кроме того, бывший благодетель - купец Масаинов - затевает тяжбу из-за ничтожной, по сути, суммы (1365 рублей), которая, по его словам, осталась долгом прежней настоятельницы. В отчаянии матушка Иоанна пишет проникнутое глубоким горем прошение в Правительствующий Синод обер-прокурору В.К.Саблеру с просьбой о помощи: "Обитель наша существует всего 17 лет; благотворителей (с кончиною О.Иоанна Кронштадтского, который покровительствовал нашей обители) - нет ... На днях наш архитектор В.А.Косяков прислал мне письмо, в котором советует мне поскорее покрыть собор, так как держать его продолжительное время без крыши вредно для прочности строения... Имею честь всепочтительнейше просить Ваше Высокопревосходительство явите милость назначить из средств Св. Синода единовременное пособие на покрытие нашего храма. Не откажите обратить Ваше Благосклонное внимание на нашу скромную обитель, сохранив начатую постройку Храма от полного разрушения, поддержите нашу скромную обитель и ее скромный, но священный огонь в крае, который еще нуждается в развитии истинно христианского духа и жизни. Все насельницы нашей обители в своих молитвах будут всегда поминать Ваше Высокопревосходительство, как опору нашей обители, трудящейся на благо народа". Через два месяца, 23 августа 1911 года, монастырю Синодом было выделено 3 тысячи рублей (просилось 30-40 тысяч рублей). О состоянии Казанского собора было доложено и императору Николаю II, но и от его имени было прислано лишь несколько тысяч рублей, тоже чисто символическая сумма. Доведенная до крайнего отчаяния, игуменья Иоанна в феврале 1912 года запросила отставки у обер-прокурора Святейшаго Синода, сенатора и члена Государственного Совета Владимира Карловича Саблера. Читая это прошение, даже сейчас, спустя 85 лет, живо ощущаешь несчастье, пронизывающее эти строки, пропитанные слезами безысходности и душевных терзаний: "...Я употребляю все старание, отыскиваю благотворителей, но к величайшему моему огорчению, все мои труды напрасны, так как в настоящее время почти невозможно найти благотворителей, которые бы сочувственно относились к св. храмам, а особенно к монастырям... Совесть сильно мучает меня, что я бессильна помочь монастырскому горю. В виду вышеизложенного имею честь всепочтительнейше просить Ваше Высокопревосходительство, явите милость что-нибудь предпринять относительно нашей обители, пока стены собора ещё не разрушились окончательно, а именно: или совершенно закрыть этот несчастный монастырь, или властью Святейшаго Синода назначить влиятельную, деятельную и энергичную настоятельницу, или же приписать этот монастырь к богатому благоустроенному, как, например, к Санкт-Петербургскому Иоанновскому в память почившего Батюшки, который, можно сказать, был почти основателем нашей обители, тогда почитатели Батюшки достроят собор. Благоволите, Ваше Высокопревосходительство, уволить меня от должности настоятельницы сего монастыря и назначить мне где-нибудь уголок, хотя бы даже на покое, только с назначением общей монастырской трапезы и отопления, принимая во внимание мои труды в течение 20-летней жизни в монастырях и из них 12-летней службы в должности настоятельницы. Простите, Ваше Высокопревосходительство, за настоящее письмо, но верьте, что я падаю духом, не видя ниоткуда поддержки, и при этом моя совесть говорит мне, что я дальше не должна оставаться на настоящей должности, простите, ради великих дней Святой четыредесятницы." Через два месяца после этого письма матушка Иоанна скоропостижно скончалась. Быть может недолеченная хворь, или же сопереживание несчастиям вверенной ей обители подломили её здоровье на сорок девятом году жизни. Сёстры похоронили её за алтарём недостроенного Казанского собора, которому игуменья Иоанна отдала последние годы жизни. От могилы этой тоже не осталось сегодня никакой памяти, лишь самые древние старушки с трудом припоминают где она была.